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復旦大學等創建精準N糖蛋白質組學分析方法
日期：2024-10-22 19:14
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摘要：
復旦大學化學系教授楊芃原團隊、中科院計算技術研究所研究員賀思敏團隊、蛋白質科學中心（上海）研究員黃超蘭團隊合作研究，創建了基于質譜的通量糖基化肽段分析方法pGlyco2.0，為精準N糖蛋白質組學了新技術。今天，相關研究成果以《pGlyco2.0：基于綜合質控和步質譜法的精準N糖蛋白質組學糖肽分析方法》為題發表于《自然·通訊》。
據悉，楊芃原、賀思敏和黃超蘭為共同通訊作者。楊芃原為該文的Lead Contact。
糖基化是復雜的蛋白后修飾之。與其他蛋白后修飾相比...
復旦大(da)學(xue)化學(xue)系教(jiao)授(shou)楊芃(peng)原團隊(dui)、中科院(yuan)計算技術(shu)研究(jiu)所(suo)研究(jiu)員賀思(si)敏團隊(dui)、蛋白(bai)質(zhi)科學(xue)中心（上海）研究(jiu)員黃超蘭團隊(dui)合作研究(jiu)，創建了基于(yu)(yu)質(zhi)譜的通量糖(tang)基化肽(tai)段分析(xi)方(fang)法pGlyco2.0，為(wei)精(jing)準N糖(tang)蛋白(bai)質(zhi)組學(xue)了新技術(shu)。今天，相關(guan)研究(jiu)成果以《pGlyco2.0：基于(yu)(yu)綜合質(zhi)控和步質(zhi)譜法的精(jing)準N糖(tang)蛋白(bai)質(zhi)組學(xue)糖(tang)肽(tai)分析(xi)方(fang)法》為(wei)題(ti)發表于(yu)(yu)《自然·通訊》。
據悉，楊芃(peng)原(yuan)、賀思敏和黃(huang)超(chao)蘭為(wei)共同(tong)通(tong)訊(xun)作者。楊芃(peng)原(yuan)為(wei)該文的Lead Contact。
糖基(ji)化是復雜的(de)蛋(dan)白(bai)(bai)(bai)后(hou)修(xiu)(xiu)飾(shi)(shi)之。與(yu)其他(ta)蛋(dan)白(bai)(bai)(bai)后(hou)修(xiu)(xiu)飾(shi)(shi)相比(bi)，糖基(ji)化不但會(hui)產(chan)生宏觀(guan)不均性(xing)（每(mei)(mei)個蛋(dan)白(bai)(bai)(bai)上(shang)可能(neng)有多(duo)個后(hou)修(xiu)(xiu)飾(shi)(shi)位(wei)(wei)點），更會(hui)產(chan)生海量(liang)的(de)微觀(guan)不均性(xing)（每(mei)(mei)個位(wei)(wei)點上(shang)可能(neng)有幾(ji)十甚至(zhi)上(shang)百(bai)種(zhong)不同的(de)后(hou)修(xiu)(xiu)飾(shi)(shi)基(ji)團(tuan)）。此外，糖鏈本身的(de)離子(zi)化效率很低。這些因素的(de)結合使得糖基(ji)化分析(xi)的(de)通(tong)量(liang)和質量(liang)遠低于蛋(dan)白(bai)(bai)(bai)質組學(xue)的(de)常規分析(xi)水平。
這項研究通過深入研究和(he)(he)測試(shi)質譜條件，開(kai)發基于階(jie)梯能量的(de)步質譜采集(ji)法(fa)，提了糖(tang)肽鑒定的(de)通量和(he)(he)開(kai)發具有自主產(chan)權的(de)pGlyco2.0糖(tang)肽檢索引擎，從糖(tang)鏈(lian)、肽段、糖(tang)肽三個層面對糖(tang)肽數據(ju)庫(ku)檢索進行質控(kong)，從而大(da)幅(fu)提升了N糖(tang)蛋白質組學分析的(de)通量和(he)(he)質量。
同(tong)時，研究人員次(ci)將重標元素應用于糖肽鑒定準(zhun)確度分析(xi)(xi)，為該域的質控分析(xi)(xi)了(le)新的方法及(ji)標準(zhun)。
專表示，這項研究報道了目前(qian)大(da)的(de)(de)糖(tang)基(ji)化數據(ju)集：在1%的(de)(de)假陽性率下，在小(xiao)鼠的(de)(de)五個臟(zang)器種鑒定到了超過萬(wan)條N糖(tang)肽(tai)。
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